На практиці іноді виникають ситуації, коли сплачені бюджетною установою кошти їй відшкодовують або повертають. Наприклад, контрагент повертає попередню оплату, яка не буде «закрита» відвантаженням товарів, робіт, послуг. Або відбувається перерахунок зарплати працівника й виходить, що виплатили йому більше, ніж мали. А іноді нормативні вимоги вибудувані так, що установа має спочатку зробити виплату, а потім інша організація компенсує їй витрати (зокрема, такий механізм виплат за перебування на військових зборах працівників установ, у разі компенсації орендарем орендодавцю плати за спожиті комунальні послуги).